Na místě starých vinic stával už ve 14. století dědičný dvůr košířské vrchnosti, který patřil písaři královské kuchyně Karla IV. Jindřichu Názovi.
V 16. století se stal majetkem rodu Cibulkových z Veleslavína, kteří poskytli své jméno nejenom usedlosti, ale i celé přilehlé oblasti. Malé hospodářství bylo sice rozšířeno o několik políček a ovocný sad, nejdůležitější částí však byly vinice, kterými byla oblast dnešních Košíř vyhlášená. Během třicetileté války byla Cibulka značně poničena a později dokonce naprosto zpustla.
Současnou podobu empírového zámečku získala usedlost v první třetině 19. století. Celý komplex je tvořen hlavní budovou, hospodářskými staveními a stájemi.
Největšího rozmachu panství dosáhlo mezi lety 1817–1826, kdy dal své tehdejší sídlo nákladně upravit milovník umění, pasovský biskup a kníže, hrabě Leopold Linhart Thun-Hohenstein. Po jeho smrti však usedlost přes opakované pokusy o záchranu postupně chátrala. V přilehlém, romanticky upraveném areálu stejnojmenného lesoparku se nachází řada cenných děl od významných pražských umělců počátku 19. století.
Právě organické sepětí a provázání obytné hospodářské centrální části usedlosti s velkorysým krajinářským řešením anglického parku dává Cibulce mezi pražskými předměstskými usedlostmi zcela výjimečné postavení. Další stavební etapy 19. a 20. století po ztrátě původní funkce v roce 1826 mají spíše utilitární charakter a hodnotu objektu spíše snižují. Posledním soukromým majitelem Cibulky byl statkář Josef Hyross, který ji kvůli finančním problémům roku 1922 odprodal Pražské obci.
Fatální potom bylo úplné zanedbání údržby ve druhé polovině 20. století, které bylo příčinou úplné degradace krovu a rovných stropů zahradníkova domku a z větší části i severního obytného křídla, krovu cibulové střechy věže, dvojice pavilonů ve východní zahradě a zpustnutí a degradace většiny zahradních objektů včetně půlkruhové terasy, spojovacího schodiště, pařeniště. ohradních zdí a bran. Přes výrazné poškození si jádro usedlosti Cibulka zachovalo velkou část svých památkových hodnot a představuje vynikající a hodnotný příklad klasicistní předměstské usedlosti.
Po pádu socialismu se otevřela i vyhlídka na eventuální obnovu areálu. Město však Cibulku dva roky před revolucí, roku 1987, prodalo České spořitelně. Polistopadový soukromý majitel, Oldřich Vaníček, neměl na opravu objektu dostatek financí a usedlost dále chátrala. Do zásahu policie v květnu 2015 byla zanedbaná usedlost několik let obývána kolektivem squatterů.
V dubnu 2021 usedlost koupila Nadace rodiny Vlčkových. Jejím cílem je usedlost do roku 2026 rekonstruovat a přeměnit na Středisko dětské paliativní péče a lůžkový hospic. V areálu usedlosti vznikne i vzdělávací centrum a už v roce 2023 také viniční dům pro veřejnost. Příběh budeme průběžně rozšiřovat a aktualizovat.
